docs(agents): 修正规则与技能文档的索引缺漏、错误引用与表述冲突

- AGENTS.md 工作流索引：补充 ulthon-update-workflow 与 ulthon-rules-manager，移除不存在的 ulthon-tools-log
- ulthon-naming-convention.md：删除对 ulthon-source-directory.md 的错误引用，明确框架应用目录与控制器子目录命名规范
- ulthon-database-design.md / ulthon-scheme-definition：统一关联表 onlyFileds 键名说明，修正示例字段拼写
- ulthon-scheme-curd-workflow.md：CURD 表名参数表述与参数表对齐
- ulthon-permission-cli.md：章节改写为节点分配原则，去除变更痕迹叙事
- README.md：文档主页 URL 与 AGENTS.md 对齐

.agents/rules/ulthon-naming-convention.md

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 ## 目录命名
 
-- 一个单词的目录用小写，例如 `service/`
-- 多个单词的目录用大驼峰，例如 `AdminService/`、`UserService/`
+- 一个单词的目录用小写，例如 `service/`、`controller/`
+- 多个单词的目录用大驼峰，例如独立的子项目目录 `AdminService/`、`UserService/`
+  - 此处的"多单词目录"指 **独立子项目目录**（如 `source/` 下各端工程、各子项目目录），**不**指框架标准应用目录
+  - 框架标准应用目录（`app/admin/`、`app/common/` 等）按 ThinkPHP 惯例统一使用小写
+- **控制器子目录**：推荐使用全小写命名，例如 `app/admin/controller/system/`、`app/admin/controller/mall/`
+  - 即使目录名用了大驼峰，URL 也会自动转换，但默认全小写可避免歧义
+  - URL 访问规则详见 [ulthon-controller-url.md](./ulthon-controller-url.md)
 
 ## PHP 文件命名
 
-- `app/common` 目录下已有单独的规范说明（见 `ulthon-source-directory.md`）
-- 其他各应用目录下：
-  - **service 模块**需要写后缀，例如 `AdminService`，而不是 `admin`
-  - **除了 service 模块**，其他文件不需要写后缀，不论是 controller、model、traits、config、middleware 等
+- **service 模块**：文件名需要写 `Service` 后缀，例如 `AdminService.php`（类名 `AdminService`），而不是 `Admin.php`
+- **其他模块**（controller、model、traits、config、middleware 等）：不需要写后缀，直接使用业务名（如 `User.php`、`Order.php`）
+- **Scheme 类**：文件名采用大驼峰（PascalCase），且必须与类名一致，详见 [ulthon-scheme-definition](../skills/ulthon-scheme-definition/SKILL.md)