docs(agents): 修正规则与技能文档的索引缺漏、错误引用与表述冲突

- AGENTS.md 工作流索引：补充 ulthon-update-workflow 与 ulthon-rules-manager，移除不存在的 ulthon-tools-log
- ulthon-naming-convention.md：删除对 ulthon-source-directory.md 的错误引用，明确框架应用目录与控制器子目录命名规范
- ulthon-database-design.md / ulthon-scheme-definition：统一关联表 onlyFileds 键名说明，修正示例字段拼写
- ulthon-scheme-curd-workflow.md：CURD 表名参数表述与参数表对齐
- ulthon-permission-cli.md：章节改写为节点分配原则，去除变更痕迹叙事
- README.md：文档主页 URL 与 AGENTS.md 对齐

.agents/skills/ulthon-permission-cli/SKILL.md

@@ -90,12 +90,12 @@ php think admin:permission:user --user-id=1
 3. 如果用户通过角色获得权限，执行 `admin:role:permission:list --role-id=<roleId>` 核对角色是否包含该节点。
 4. 检查后台配置中是否存在免鉴权规则（例如 no_login/no_auth 的控制器/节点白名单）。
 
-## 变更说明（重要）
+## 节点分配原则
 
-- 旧命令 `admin:permission:assign` / `admin:permission:revoke` 已移除。
-- “按用户直接增删节点”的需求，应通过“角色”承接：
-  - 只影响单个用户：创建专用角色 → 给该角色分配节点 → 将角色分配给该用户。
-  - 影响一批用户：维护共享角色 → 给该角色增删节点 → 所有拥有该角色的用户一起生效。
+权限节点的增删统一通过"角色"承接，不直接对单个用户操作：
+
+- 只影响单个用户：创建专用角色 → 给该角色分配节点 → 将角色分配给该用户
+- 影响一批用户：维护共享角色 → 给该角色增删节点 → 所有拥有该角色的用户一起生效
 
 ## 常见坑位