docs(agents): 修正规则与技能文档的索引缺漏、错误引用与表述冲突

- AGENTS.md 工作流索引：补充 ulthon-update-workflow 与 ulthon-rules-manager，移除不存在的 ulthon-tools-log
- ulthon-naming-convention.md：删除对 ulthon-source-directory.md 的错误引用，明确框架应用目录与控制器子目录命名规范
- ulthon-database-design.md / ulthon-scheme-definition：统一关联表 onlyFileds 键名说明，修正示例字段拼写
- ulthon-scheme-curd-workflow.md：CURD 表名参数表述与参数表对齐
- ulthon-permission-cli.md：章节改写为节点分配原则，去除变更痕迹叙事
- README.md：文档主页 URL 与 AGENTS.md 对齐

AGENTS.md

@@ -117,13 +117,16 @@ Skills 是"按场景调用的工作流说明"，统一以 `.agents/skills/*/SKIL
 - Scheme 定义指南：[ulthon-scheme-definition](./.agents/skills/ulthon-scheme-definition/SKILL.md)
 - 数据库调试命令（tools:db）：[ulthon-db-tools-debug](./.agents/skills/ulthon-db-tools-debug/SKILL.md)
 - HTTP 调用工具（tools:http:call）：[ulthon-tools-http-call](./.agents/skills/ulthon-tools-http-call/SKILL.md)
-- 日志命令（tools:log）：[ulthon-tools-log](./.agents/skills/ulthon-tools-log/SKILL.md)
 - 内置定时器与定时任务扩展：[ulthon-timer](./.agents/skills/ulthon-timer/SKILL.md)
 - 页面 / 接口同体：[ulthon-page-api-dual-mode](./.agents/skills/ulthon-page-api-dual-mode/SKILL.md)
 - 登录认证（Session + Token）：[ulthon-auth-session-token](./.agents/skills/ulthon-auth-session-token/SKILL.md)
 - 权限与角色管理（RBAC CLI）：[ulthon-permission-cli](./.agents/skills/ulthon-permission-cli/SKILL.md)
 - 菜单管理（admin:menu:\* CLI）：[ulthon-admin-menu-cli](./.agents/skills/ulthon-admin-menu-cli/SKILL.md)
 - 测试工作流（运行/编写/决策/回归保护）：[ulthon-testing](./.agents/skills/ulthon-testing/SKILL.md)
+- 框架更新工作流（admin:update 同步上游）：[ulthon-update-workflow](./.agents/skills/ulthon-update-workflow/SKILL.md)
+- 零散规则管理（新增/维护 `.agents/rules/`）：[ulthon-rules-manager](./.agents/skills/ulthon-rules-manager/SKILL.md)
+
+> 日志查看走通用命令 `php think tools:log:show`，详见 [快速命令参考](#快速命令参考)。
 
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