docs(rules): 新增文件级覆盖机制规则并修正索引职责互斥

- 新增 ulthon-file-override-mechanism.md：阐述 app/ 覆盖 extend/base/ 的三类机制（视图模板、include 标签、app_file_path）与不支持覆盖的反例清单
- ulthon-base-app-architecture：升格原孤立描述为独立小节"5. 文件级覆盖机制"
- ulthon-timer：在 app_file_path 覆盖说明处增加规则引用
- AGENTS.md：登记新规则到框架内置规则索引
- ulthon-rules-manager：修订索引职责（AGENTS.md 仅 ulthon-、PROJECT.md 仅 project-，互斥不重复维护）；索引格式从 4 列改为 3 列与项目实际一致；维护规则补充对称约束；泛化"迁移现有内容"章节

.agents/skills/ulthon-timer/SKILL.md

@@ -138,6 +138,8 @@ class MyQueueTask extends TimerController
 - 优先覆盖：`app/common/command/timer/config.php`（一旦存在，`app_file_path(...)` 将优先读取此文件）
 - 框架默认：`extend/base/common/command/timer/config.php`（当 app 未提供时回落到该文件）
 
+> 该覆盖行为是框架"文件级覆盖机制"的实例之一（视图模板、include 标签、`app_file_path` 共三类）。完整说明与不支持覆盖的反例清单详见规则：[文件级覆盖机制](../../rules/ulthon-file-override-mechanism.md)。
+
 字段说明（兜底默认值由 Base 层的 `initConfigItem()` 提供）：
 
 - `name`：任务唯一名称（用于 Cache key），不可重复