refactor(agents): 删除 tools:agent:publish 命令，补全 helper.php 函数覆盖机制，修正多处文档 bug

- 删除 tools:agent:publish 整套（不再兼容多套 IDE，只保留 .agents 目录）
- helper.php 全部 27 个全局函数加 if (!function_exists()) 包裹，项目侧可在 app/common.php 定义同名函数覆盖
- ulthon-file-override-mechanism.md 新增全局函数覆盖章节
- AGENTS.md 删除智能体指导章节，PHP 8+ 改为 8.0+，MySQL 8+ 改为 5.7+
- AGENTS.md 项目结构树补全 tests/、extend/think/、source/ 子项
- README.md PHP 版本统一为 8.0+
- ulthon-base-app-architecture SKILL 路径补 admin/service/ 段
- ulthon-tools-http-call SKILL 补 --page-data 参数
- ulthon-naming-convention 补元数据头
- ulthon-update-workflow 统一 extend/think/ 归类

.agents/rules/ulthon-file-override-mechanism.md

@@ -81,6 +81,26 @@ Ulthon Admin 在"类继承覆盖"之外，还提供"文件级覆盖"能力：业
 - 覆盖某控制器视图：在 `app/admin/view/<controller>/<action>.html` 放同名文件
 - 覆盖 CURD 迁移模板：在 `app/common/command/curd/migrate.tpl` 放同名文件
 
+## 全局函数覆盖
+
+`extend/base/helper.php` 里的所有全局函数都有 `if (!function_exists('xxx'))` 包裹。项目侧如需覆盖某个全局函数的行为（例如修复框架 bug 或调整实现），只需在 `app/common.php` 的 `include helper.php` 语句**之前**定义同名函数即可。
+
+加载顺序：`app/common.php` 先执行 → 项目侧函数先定义 → `include helper.php` 时 `if (!function_exists())` 检查发现已存在 → 跳过框架版本。
+
+示例：
+
+```php
+// app/common.php
+function sysconfig($group, $name = null, $default = null) {
+    // 项目侧自定义实现
+    return my_custom_logic($group, $name, $default);
+}
+
+include App::getRootPath() . '/extend/base/helper.php';
+```
+
+注意：该机制是"函数级覆盖"，与本文档前述三类"文件级覆盖"是独立机制。helper.php 中已包裹的函数清单见源码（截至当前版本共 27 个：`__url`、`flow_url`、`password`、`xdebug`、`sysconfig`、`array_format_key`、`auth`、`get_session_admin`、`read_header_token`、`json_message`、`unparse_url`、`build_upload_url`、`event_handle_result`、`event_handle_string`、`event_view_content`、`event_view_replace`、`event_view_replace_js`、`event_response`、`app_file_path`、`array_to_table`、`format_bytes`、`parse_bytes`、`get_store_value`、`set_store_value`、`get_site_version_key`、`format_null_value`、`ctype_numeric`）。
+
 ## 相关文件
 
 - `extend/base/helper.php`（`app_file_path()` 定义）