refactor(agents): 删除 tools:agent:publish 命令，补全 helper.php 函数覆盖机制，修正多处文档 bug

- 删除 tools:agent:publish 整套（不再兼容多套 IDE，只保留 .agents 目录）
- helper.php 全部 27 个全局函数加 if (!function_exists()) 包裹，项目侧可在 app/common.php 定义同名函数覆盖
- ulthon-file-override-mechanism.md 新增全局函数覆盖章节
- AGENTS.md 删除智能体指导章节，PHP 8+ 改为 8.0+，MySQL 8+ 改为 5.7+
- AGENTS.md 项目结构树补全 tests/、extend/think/、source/ 子项
- README.md PHP 版本统一为 8.0+
- ulthon-base-app-architecture SKILL 路径补 admin/service/ 段
- ulthon-tools-http-call SKILL 补 --page-data 参数
- ulthon-naming-convention 补元数据头
- ulthon-update-workflow 统一 extend/think/ 归类

.agents/skills/ulthon-base-app-architecture/SKILL.md

@@ -85,8 +85,8 @@ description: "详细说明了 Base/App 双层架构的设计理念、三层结
 
 - **类文件**：以 `*Base.php` 结尾，放在 `extend/base/`。路径和名称与 `app/` 层一一对应。
 - **辅助函数**：放在 `extend/base/helper.php`，通过 `app/common.php` 引入。
-- **初始化数据**：放在 `extend/base/adminInitData/`（带 @internal-framework 注解标记）。
-- **版本更新代码**：放在 `extend/base/adminUpdateCodeData/`（带 @internal-framework 注解标记）。
+- **初始化数据**：放在 `extend/base/admin/service/adminInitData/`（带 @internal-framework 注解标记）。
+- **版本更新代码**：放在 `extend/base/admin/service/adminUpdateCodeData/`（带 @internal-framework 注解标记）。
 
 ### 4. 核心层维护原则