refactor(agents): 删除 tools:agent:publish 命令，补全 helper.php 函数覆盖机制，修正多处文档 bug

- 删除 tools:agent:publish 整套（不再兼容多套 IDE，只保留 .agents 目录）
- helper.php 全部 27 个全局函数加 if (!function_exists()) 包裹，项目侧可在 app/common.php 定义同名函数覆盖
- ulthon-file-override-mechanism.md 新增全局函数覆盖章节
- AGENTS.md 删除智能体指导章节，PHP 8+ 改为 8.0+，MySQL 8+ 改为 5.7+
- AGENTS.md 项目结构树补全 tests/、extend/think/、source/ 子项
- README.md PHP 版本统一为 8.0+
- ulthon-base-app-architecture SKILL 路径补 admin/service/ 段
- ulthon-tools-http-call SKILL 补 --page-data 参数
- ulthon-naming-convention 补元数据头
- ulthon-update-workflow 统一 extend/think/ 归类

.agents/skills/ulthon-update-workflow/SKILL.md

@@ -127,7 +127,7 @@ php think admin:update --dry-run --optional-conflict=skip --force-conflict=overw
 |------|--------|------|
 | `--dry-run` | (无值) | 预览模式，只看变更不执行实际文件操作 |
 | `--optional-conflict` | `skip` / `overwrite` / `ask` | 可选文件（app/config/route/extend/think/根目录文件）的冲突处理策略 |
-| `--force-conflict` | `overwrite` / `skip` / `ask` | 强制文件（extend/base/public/database/think）的冲突处理策略 |
+| `--force-conflict` | `overwrite` / `skip` / `ask` | 强制文件（extend/base/public/database）的冲突处理策略 |
 | `--show` | `all` / `conflict` | 变更输出范围：all 显示全部文件，conflict 只显示冲突文件 |
 | `--keep-repo` | (无值) | 预览模式下保留上游克隆目录（runtime/update/current/ 和 runtime/update/repo/），便于手动对比跳过的冲突文件 |
 | `--reinstall` | (无值) | 即使当前版本已是最新，也强制重新安装代码 |
@@ -187,6 +187,8 @@ php think admin:update --optional-conflict=skip --force-conflict=skip --show=all
 
 涉及目录：`extend/base/`、`public/`、`database/`
 
+> 注：`extend/think/` 属于可选文件，处理方式见上方「可选文件冲突」章节。
+
 这些是框架自动管理的区域。出现冲突说明开发者违反了 Base/App 架构规则，直接修改了 `extend/base/` 下的文件。
 
 处理建议：