refactor(agents): 删除 tools:agent:publish 命令，补全 helper.php 函数覆盖机制，修正多处文档 bug

- 删除 tools:agent:publish 整套（不再兼容多套 IDE，只保留 .agents 目录）
- helper.php 全部 27 个全局函数加 if (!function_exists()) 包裹，项目侧可在 app/common.php 定义同名函数覆盖
- ulthon-file-override-mechanism.md 新增全局函数覆盖章节
- AGENTS.md 删除智能体指导章节，PHP 8+ 改为 8.0+，MySQL 8+ 改为 5.7+
- AGENTS.md 项目结构树补全 tests/、extend/think/、source/ 子项
- README.md PHP 版本统一为 8.0+
- ulthon-base-app-architecture SKILL 路径补 admin/service/ 段
- ulthon-tools-http-call SKILL 补 --page-data 参数
- ulthon-naming-convention 补元数据头
- ulthon-update-workflow 统一 extend/think/ 归类

AGENTS.md

@@ -29,7 +29,7 @@
 
 ### 通用基础规范（所有开发者必须遵守）
 
-- 技术栈：ThinkPHP 8.x；PHP 8+；MySQL 8+；Layui 2.x；模板引擎：ThinkPHP 内置模板引擎
+- 技术栈：ThinkPHP 8.x；PHP 8.0+；MySQL 5.7+；Layui 2.x；模板引擎：ThinkPHP 内置模板引擎
 - 命名规范（必读）：[ulthon-naming-convention.md](./.agents/rules/ulthon-naming-convention.md)
 - 代码风格（必读）：遵循项目根目录 `.php-cs-fixer.php`
 - 表结构设计规范（必读）：[ulthon-scheme-definition](./.agents/skills/ulthon-scheme-definition/SKILL.md)（含特殊字段约定、字段后缀、组件类型、关联表参数）
@@ -119,12 +119,6 @@ Skills 是"按场景调用的工作流说明"，统一以 `.agents/skills/*/SKIL
 
 > 日志查看走通用命令 `php think tools:log:show`，详见 [快速命令参考](#快速命令参考)。
 
-## 智能体指导
-
-使用命令可以将内置智能体规则应用到各类智能体中。设计规则时以 AGENTS.md 和 `.agents/` 目录为主。
-
-php think tools:agent:publish
-
 ## 项目结构速览
 
 ```
@@ -141,8 +135,17 @@ ulthon_admin/
 ├── view/                   # 视图覆盖层
 ├── route/                  # 路由定义
 ├── database/               # 数据库迁移与种子
+├── tests/                  # 测试目录
 ├── source/                 # 主工程外内容统一目录（多端代码/资料/附件/各类子项目）
-│   └── clients/uniapp/     # uni-app 前端工程
+│   ├── assets/             # 静态资源
+│   ├── attachments/        # 附件
+│   ├── clients/            # 客户端工程
+│   │   └── uniapp/         # uni-app 前端工程
+│   ├── docker/             # Docker 相关配置
+│   ├── docs/               # 文档
+│   ├── projects/           # 子项目
+│   ├── stack/              # 部署栈
+│   └── README.md           # source 目录说明
 └── .agents/                 # 智能体协作资源
     ├── skills/              # 工作流技能（按场景调用）
     ├── rules/               # 零散规则（按模块/场景拆分）